Intorno al 1520 il Principe Vescovo Bernardo Clesio fece completamente ricostruire questo antico luogo di culto secondo forme pienamente rinascimentali, dedicandolo alla Vergine Maria, come le altre due chiese trentine da lui

volute a Cles e Civezzano. Durante il periodo conclusivo del Concilio di Trento (1545-1563), la chiesa fu sede delle Congregazioni generali. Proprio di questo clima risente la pala affrescata nel 1551 da Giovan Battista Moroni, situata nella seconda cappella laterale destra, che raffigura i Dottori della Chiesa mentre commentano i testi sacri,

rimarcando così l'autorevolezza della Chiesa di Roma rispetto alle posizioni di Lutero. La grande pala dietro l'altare maggiore, raffigurante la Assunzione della Vergine, è opera di Pietro Ricchi, detto il Lucchese, eseguita nel 1644 seguendo un gusto tardo manierista nei colori accesi. Accanto, nel presbiterio, è ospitata la ricca cantoria con rilievi in marmo bianco, capolavoro della bottega di Vincenzo Grandi.